Verborgene Welt in Fischkiemen: Forschende entdecken neue Bakterien
Forschende des Leibniz-Zentrums für Marine Tropenforschung (ZMT) und des Instituts für Chemie und Biologie des Meeres (ICBM) der Universität Oldenburg haben bislang unbekannte Mikroorganismen in den Kiemen von Korallenrifffischen entdeckt. Die Bakterien könnten vielfältige Stoffwechselfunktionen übernehmen. Besonders häufig stieß das Team auf eine neue Gruppe von Proteobakterien mit chemosynthetischem Potenzial.
Solche Bakterien können durch die Oxidation anorganischer Verbindungen Energie gewinnen und diese nutzen, um Kohlendioxid in Biomasse zu fixieren. Bekannt sind Mikroorganismen mit chemosynthetischen Fähigkeiten bereits aus verschiedenen marinen Lebensräumen und von wirbellosen Wirten wie Ringelwürmern und Weichtieren. Bei Fischen wurden sie nach Kenntnis der Forschenden bislang jedoch noch nicht dokumentiert.
Die Ergebnisse der in PLOS Genetics veröffentlichten Studie zeigen zugleich, dass Fischkiemen ein komplexes und spezialisiertes Mikrobiom beherbergen. Dieses ist bislang wenig erforscht, könnte aber eine wichtige Rolle für den Stoffwechsel, die Immunabwehr und die Gesundheit der Fische spielen.
Vom vermeintlichen Störfaktor zum Forschungsgegenstand
Für ihre Untersuchung griffen die Wissenschaftler auf Daten früherer Genomstudien an tropischen Hamletbarschen (Hypoplectrus spp.) aus der gesamten Karibik zurück. Dafür waren Hunderte Kiemenproben untersucht und die gesamte DNA in den Gewebeproben – das sogenannte Metagenom – sequenziert worden. Der Datensatz enthielt dadurch nicht nur die DNA der Fische, sondern auch die ihrer mikrobiellen Kiemenbewohner.
Ursprünglich interessierte sich das Team ausschließlich für die Fisch-DNA, um die Artbildung und Evolution der Tiere zu untersuchen. Die mikrobielle DNA sollte dagegen unberücksichtigt bleiben. Schließlich entschieden sich die Forschenden jedoch dafür, ihren Datensatz aus einer völlig anderen Perspektive zu analysieren.
„Früher haben wir uns bei unserer Arbeit ausschließlich auf die Fisch-DNA konzentriert und mikrobielle DNA als Verunreinigung betrachtet“, erinnert sich Oscar Puebla, Fischökologe am ZMT und Professor für Fischökologie am ICBM der Universität Oldenburg. „Eines Tages dachten wir uns: Warum betrachten wir die Sache nicht einmal aus der umgekehrten Perspektive, untersuchen das Mikrobiom der Kiemen und lassen die Fisch-DNA außer Acht?“
Aus diesem Perspektivwechsel entstanden neue Forschungsfragen. An den Untersuchungen waren neben ZMT und ICBM auch Kollegen vom Helmholtz-Institut für funktionelle marine Biodiversität (HIFMB) in Oldenburg sowie von den Universitäten Hongkong und Chicago beteiligt.
„Unser Plan bestand nun darin, herauszufinden, welche Mikroorganismen in den Kiemen dieser Fische leben, und so neue Aufschlüsse in das noch wenig erforschte Kiemenmikrobiom zu erlangen“, erklärt Sabrin Abdelghany, ehemalige Doktorandin am ZMT und Erstautorin der Studie.
Die Kiemen sind dabei ein besonders interessanter Lebensraum. Ihr Co-Autor Martin Helmkampf vom ZMT ergänzt: „Die Kiemen sind eine wichtige Schnittstelle zwischen dem Körper des Fisches und seiner Umwelt. Sie sind nicht nur für den Gasaustausch bei der Atmung von Bedeutung, sondern auch für die Immunabwehr, die Ausscheidung von Abfall- und Stoffwechselprodukten sowie für die Regulierung des pH-Werts und des Salzhaushalts im Körper.“
Weniger als fünf Prozent der DNA liefern neue Erkenntnisse
Mehr als 95 Prozent der aus den Kiemen gewonnenen DNA stammten von den Hamletbarschen. Auf die mikrobielle DNA entfielen weniger als fünf Prozent. Dieser vergleichsweise kleine Anteil genügte jedoch, um neue Erkenntnisse über das Kiemenmikrobiom zu gewinnen.
Den Forschenden gelang es, 70 bakterielle Genome aus insgesamt 17 Bakteriengruppen zu rekonstruieren. Die Mehrzahl dieser Bakterien war neu für die Wissenschaft. Zudem unterschied sich das Kiemenmikrobiom deutlich von der Gemeinschaft der Mikroorganismen im umgebenden Meerwasser. Die Zusammensetzung spricht nach Angaben der Forschenden dafür, dass das Mikrobiom der Kiemen nicht lediglich das Meerwasser-Mikrobiom widerspiegelt, mit dem die Tiere ständig in Kontakt kommen. Vielmehr scheint es speziell an das Leben auf den Kiemen angepasst zu sein.
Puebla sagt: „Die Gene in diesen neuen Bakteriengenomen deuten darauf hin, dass die in den Kiemen gefundenen Mikroorganismen eine Vielzahl von Stoffwechselfunktionen ausüben können, darunter zahlreiche potenzielle metabolische Wechselwirkungen sowohl zwischen verschiedenen Bakterien als auch zwischen den Bakterien und den Fischen.“
Hinweise auf Chemosynthese in den Fischkiemen
Eine weitere Entdeckung überraschte das Forschungsteam: Die am häufigsten in den Kiemen vorkommenden Bakterien verfügen über sämtliche Gene, die für die Chemosynthese erforderlich sind. Damit besitzen sie das Potenzial, Kohlendioxid zu binden. Die dafür benötigte Energie beziehen sie – anders als Pflanzen – nicht aus Sonnenlicht, sondern aus der Oxidation anorganischer Verbindungen.
„Wir haben die DNA von Proteobakterien aus der Familie der Burkholderiaceae mit chemosynthetischem Potenzial nachgewiesen“, berichtet Sabrin Abdelghany. „Bakterien mit solchen chemosynthetischen Fähigkeiten wurden bereits in verschiedenen Meereslebensräumen wie Tiefsee-Hydrothermalquellen oder in Verbindung mit Wirbellosen wie Ringelwürmern und Weichtieren gefunden. Nach unserem Kenntnisstand wurden sie bislang jedoch noch nicht bei Fischen dokumentiert.“
Bedeutung des Kiemenmikrobioms noch weitgehend unbekannt
Die Ergebnisse zeigen den Forschenden zufolge, dass die Kiemen ein komplexes und spezialisiertes Mikrobiom beherbergen. Welche Bedeutung diese Mikroorganismen für die Fische haben, ist allerdings noch weitgehend offen. Möglich ist, dass sie eine Rolle für Stoffwechsel, Immunsystem und Gesundheit spielen. Die neuen Erkenntnisse werfen deshalb weitere Forschungsfragen auf.
Helmkampf beschreibt es so: „Es ist wie zum ersten Mal durch einen Dschungel zu wandern, damit anzufangen, die dort lebenden Organismen zu untersuchen, und sich zu fragen, wie sie wohl miteinander interagieren.“
Puebla fasst zusammen: „Wir befinden uns eindeutig noch in einer Phase der Erkundung und Entdeckung und wissen so gut wie nichts darüber, welche Bedeutung das Kiemenmikrobiom für die Physiologie und Gesundheit von Fischen hat. Das ist sowohl für Aquakultur als auch für natürliche Populationen relevant, die mit raschen Umweltveränderungen konfrontiert sind.“
Originalpublikation: Proteobacteria with chemosynthetic potential are highly prevalent in the gills of Hypoplectrus reef fishes | PLOS Genetics
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